Kirjanpitotiedon käsittely Kannattavuuskirjanpidossa tarvittavat rahatulot ja menot saadaan useimmiten suoraan tilan verokirjanpidosta. Mikäli tallennukseen on käytetty WebWakka-ohjelmistoa, tiedot on myös siirrettävissä suoraan Luken Smartti-kirjanpito-ohjelmaan. Näiden tietojen lisäksi tarvitaan viljelytiedot, tuotantomäärät, tuote- ja panosvarastojen määrä- ja arvotiedot sekä käyttöomaisuudessa tapahtuneet muutokset ja työtuntien määrät. Tietojen laadunvarmistus ProAgria Keskukset, vastaavat ruotsinkieliset järjestöt ja Kauppapuutarhaliitto keräävät kannattavuuskirjanpitotilan ja tallentavat ne Luken tietojärjestelmään. Tallennuksen jälkeen keräävät tahot tarkastavat tiedot Taloustohtori-järjestelmästä käytettävällä tarkastusjärjestelmällä. Järjestelmässä on 6 000 testiä, jotka tarkastavat monipuolisesti yritysten talouteen ja myös fyysiseen tuotantoprosessiin liittyvät tiedot tilakohtaisesti. Tämän jälkeen tiedonkerääjät toimittavat tiedot Lukeen, jossa ne käydään läpi. Tietojen ja niistä laskettavien tulosten luotettavuuden takaamiseksi tiedot tarkastetaan edelleen EU:n Komission internet-pohjaisella Rica -tarkastusjärjestelmällä. Jokaisen yrityksen tiedoille tehdään tuhansia yksittäisiä tarkastustestejä. Tarkastuksen jälkeen tiedot kootaan yhteen tietokantaan. Tulosten laskenta Kannattavuuskirjanpidossa maatilan toiminnot jaetaan varsinaiseen maatalouteen, puutarhatalouteen, metsätalouteen, porotalouteen sekä muuhun yritystoimintaan. Yksityistalouteen liittyviä asioita ei kerätä. Yritystoimintaa koskevien tietojen perusteella lasketaan maatilan eri toimialojen tilinpäätökset sekä taloudellista asemaa ja kehitystä kuvaavat tunnusluvut.
